Struktuur

Eesti Ornitoloogiaühingut juhivad  üldkoosolek,  juhatus ning 11-liikmeline volinike koosolek ehk nõukogu.  Sisulise töö korraldamiseks erinevates valdkondades on loodud komisjonid ning töörühmad.

Eesti Ornitoloogiaühingu juures töötab neli alalist komisjoni:
Seirekomisjon
Linnukaitsekomisjon
Eesti Linnunimetuste Komisjon
Eesti Linnuharulduste Komisjon

Eesti Ornitoloogiaühingu töörühmadeks on:
Röövlinnutöörühm   
Kahlajatöörühm
Atlasetöörühm