Eestis võib kohata kahte kormorani alamliiki – atlandi kormorani (Phalacrocorax carbo carbo) ja seda, keda me Eestis lihtsalt kormoraniks või karbaseks kutsume ehk kontinentaalsema levikuga alamliik Phalacrocorax carbo sinensis. Alamliike on välimuselt väga raske eristada ja geeniandmete põhjal on näha, et osades Euroopa piirkondades endiselt hübridiseeruvad. Alamliike saab eristada noka alaosas paikneva kollase laigu kuju põhjal (vaata joonist siit). Nominaatvorm P. c. carbo pesitseb enamasti mereäärsetel kaljudel Põhja-Prantsusmaal, Suurbritannias, Iirimaal, Islandil ja Norras ning seega satub meie kanti harva. Kontinentaalne alamliik P. c. sinensis on levinud aga kõikjal mujal Euroopas.
Kiviajast pärinevaid kormoraniluid on leitud asulakohtadelt Kunda Lammasmäelt ja Kõpust ning rauaaegseid Iru linnamäelt. Eestist ja mujalt Läänemere äärest leitud eelajaloolised kormoraniluud kuuluvad praeguste teadmiste kohaselt atlandi kormoranile. Praegu Eestis pesitsev P. c. sinensis on Läänemere piirkonda jõudnud hiljem, tõenäoliselt vahemikus 1500-1800. Esimesed selged kirjalikud tõendid P. c. sinensise pesitsemisest Eestis on pärit 19. sajandist Kolga ja Purdi kandist (viimane on küll kahtluse alla seatud, sest pole kormoranile omane biotoop), kuid sajandi lõpuks oli kormoran siitmailt jälle kadunud. Arvatakse, et inimeste tagakiusamise tõttu.
Kormorani kontinentaalne alamliik oli 20. sajandi keskpaigaks vaenamise tõttu kogu Läänemere piirkonnast peaaegu välja tõrjutud. Tollane intensiivse tagakiusamine on dokumenteeritud nii Hollandis, Taanis kui ka Rootsis. 1960ndateks pesitses Euroopas kõige ca 4000 paari kormorane ja neist rohkem kui pooled paiknesid Poolas ja Saksamaal. Kormorani arvukus hakkas taastuma alles pärast laialdaste kaitsemeetmete kasutuselevõttu. Hollandis võeti kormoran kaitse alla 1965. aastal, Taanis 1971. aastal ja Euroopa Liidus tervikuna 1979. aastal. Arvukuse taastumist soosis ka ohtliku putukamürgi DDT keelustamine 1970. aastatel suuremas osas Euroopas.
Eestisse jõudis kormoran uuesti pesitsema 1983. aastal, mil leiti üksik pesa Kolga lahes Lõuna-Malusi saarelt. Mitmel pool Eestis asusid kalurid tekkivaid kormorani kolooniaid ka kohe hävitama ning mitmetel aastatel on kormoranide pesi Keskkonnaameti juhtimisel õlitatud, et sigimisedukust alla viia, kuid kormorani arvukus on sellest hoolimata kiires tempos tõusnud.
2024. a seisuga pesitseb Eestis ligikaudu 43 600 paari kormorani, aga koguarvukus on suuremgi, sest mittepesitsejaid ei loendata. Üllatuslikult on Eestis praegusel ajal kõigest umbes 50 aktiivselt kasutuses olevat kolooniat ehk pigem on toimunud kolooniate sisene kasv. Eesti maksimaalsed koloonia suurused on saadud Anilaiult (4000 paari, Liivi lahel) ja Kadaklaiult (4102 paari, Käina lahel). 2023. aasta loendustulemuste järgi asustab suurem osa pesitsevatest kormoranidest Liivi lahe Pärnumaa piirkonna (37%) ja Väinamere (24%) laidusid. Sisemaal pesitseb 11% paaridest.
Leivits, M. (2023). Kormorani üldloendus 2022. a. ning Eesti asurkonna seisund. Keskkonnaagentuur, eluslooduse osakond. 66 lk.
Marion, L., & Le Gentil, J. (2022). Habitat specialisation affects fitness of the marine and continental Great Cormorant subspecies in a recently evolved sympatric area. Ardea, 109(3), 471-480.
Ojaste, I. (2018). Kormoran (karbas). –Rmt.: Linnuatlas. Eesti haudelindude levik ja arvukus. Eesti Ornitoloogiaühing, Tartu.
Ojaste, I., Rattiste, K., Lilleleht, V., Mägi, E., & Leito, A. 2012. Kormorani (Phalacrocorax carbo) eesti asurkonna kujunemine. Hirundo, 25, 1-33.
https://keskkonnaagentuur.ee/uudised/mida-utlevad-loendustulemused-kormoranide-arvukuse-kohta